Di origine trecentesca come cappella degli agostiniani (vennero sostituiti dagli Scolopi solo nel 1762), la chiesa fu completamente rivoluzionata in seguito ai grandiosi funerali del Duca Francesco I tenutisi qui nel 1659.
L’insieme delle decorazioni che in quella occasione ornarono la cattedrale ebbe così tanto successo che, quando nel 1662 morì il duca Alfonso IV (successore di Francesco I), la consorte Laura Martinozzi , (reggente per diversi anni nonché nipote del Cardinale Mazzarino) decise di modificare stabilmente l’interno della chiesa per trasformarla in Pantheon Atestinum, (Pantheon degli Este, per quanto oggi le tombe siano visibili presso San Vincenzo), non solo tempio della gloria eterna degli Estensi ma anche dei sovrani europei legati alla Casata, secondo il programma iconografico del letterato di corte Domenico Gamberti.
La semplice facciata, contigua a quella di Palazzo dei Musei, conserva un bel portale e un rosone cinquecentesco con cornice in cotto.
