La chiesa, inconfondibile per la cupola raffinata e slanciata, venne edificata a seguito del voto fatto dai modenesi alla Madonna della Ghiara in occasione della terribile epidemia di peste che colpì la città nel 1630 – così come ricorda la lapide sul portale.
Fu un momento in cui la comunità, decimata dal contagio, fu messa a dura prova; anche il Duca Francesco I dovette lasciare la città.
Fu il superamento di quella terribile epidemia a propiziare, non solo a Modena, la costruzione di molte nuove chiese e a Modena, la decisione venne presa nel giro di poco tempo, per voto unanime del Ducato e della municipalità.
Da allora i modenesi la chiamano anche ‘chiesa nuova’.
Parliamo dunque di una chiesa di proprietà del Comune di Modena, con l’amministrazione comunale che vanta ancora il diritto di nomina del rettore della chiesa, sia pure dietro indicazione dell’autorità diocesana.
La facciata, su due ordini, ionico e corinzio, con inserti in marmo, venne disegnata da Cristoforo Malagola detto il Galaverna, anche per dare degno sfondo a corso Duomo.
