Rinaldo I, ha posto la prima pietra nel 1723 sul luogo di un edificio del 1190 e di uno cinquecentesco dedicato a San Michele, la chiesa attuale prese il nome dalla Confraternita di San Giovanni Battista della Buona Morte, compagnia dedita ad assistere i condannati alla pena capitale, qui trasferita nel 1774.
Si tratta dell’unica chiesa modenese che non sia annessa ad altri edifici.
Dalle armoniche linee, tipicamente neoclassiche, il disegno della cappella è di Girolamo Frigimelica Roberti.
L’interno è a pianta circolare; la lanterna raggiunge i 22 metri di altezza. La cantoria con l’organo settecentesco di Agostino Traeri occupa la controfacciata.
L’attrazione più significativa della chiesa è il Compianto su Cristo morto di Giudo Mazzoni: risalente al 1479: si tratta della più antica opera del genere al mondo.
Nella stanzetta prima della sacrestia si notano alcuni cruenti oggetti – per la maggior parte copie – che venivano utilizzati per le esecuzioni capitali dei condannati (dopo che erano stati confortati e fatti pentire, nonché drogati con erbe dai confratelli).
Da qui si passa nella zona dietro l’altare, in cui gli scranni di legno ospitavano i frati nelle celebrazioni.
Nella sacrestia: reliquiari, copribara, lumi votivi e un arazzo utilizzato nelle processioni al patibolo con la celebre scritta, tratta dal Qohelet, «vanitas vanitatum et omnia vanitas» (vanità delle vanità, tutto è vanità).
